Hikaru Shindo era um garoto comum, como qualquer outro da sua idade. Frequenta a escola (está no sexto ano do ensino fundamental), sofre para tirar boas notas e se diverte com os seus amigos, principalmente com a inseparável Akari. Até que um dia, ele encontra um tabuleiro de go esquecido no sótão de seu avô. A partir de então, os caminhos do garoto e de um fantasma milenar chamado Sai se cruzam, dando início a uma nova fase na vida de Hikaru.
Fujiwara no Sai era um exímio jogador e instrutor de go do imperador no período Heian (entre os anos 794 e 1185). Mas teve uma morte prematura após um grave incidente provocado por um rival. Agora, ele está de volta na forma de um fantasma e precisa do garoto para cumprir um único objetivo: realizar a "jogada de Deus".
O problema é que Hikaru prefere mil vezes fazer qualquer outra coisa do que praticar esse jogo, porém sempre que ele se recusa, o espírito de Sai mergulha numa profunda tristeza, provocando crises de vômito no estudante. Sem saída, ele passa a se esforçar para aprender. Mergulhando nesse universo, revela-se uma nova realidade.